Der Ort, ursprünglich wohl Müthingen benannt, wird 1167 erstmals in einer Ottobeurer Urkunde als Pfaffenhausen bezeichnet, nachdem er zum Pfarrsitz des neugegründeten Seelsorgebezirks bestimmt worden war. Dieses Ansehen als Ur- und Großpfarrei stieg noch, als der Augsburger Fürstbischof das Priesterseminar von Dillingen hierher verlegte und St. Stephan zur Seminarkirche erwählte. Die vermehrte Zahl von Priestern erklärt auch, warum im Langhaus elf Beichtstühle stehen.

Groß und prächtig ausgestattet

Den Grundstein zum jetzigen Gotteshaus legte man 1780. Nach teils kuriosen Rivalitäten unter den Baumeistern, von denen einer gar befürchtete " es möchte eine allgemeine Dorfkirche" werden, konnte der Neubau im Juli 1789 geweiht werden. Und es ist wirklich keine "allgemeine Dorfkirche" geworden - jeder neue Besucher ist überrascht von der Größe und Ausstattung. Fünf Fensterachsen erhellen den durch grau marmorierte Pilaster gegliederten Saalbau, wertvolle Deckengemälde des Augsburger Freskomalers Johann Josef Anton Huber zeigen etwa die Steinigung des Erzdiakons Stephanus und der viersäulige spätbarocke Hochaltar schließt den Chor nach Osten ab. Zwei der vier Seiten- und Nebenaltäre sind bereits im Stil des Empire gearbeitet.

Gotischer Turmunterbau

Besonders eindrucksvoll ist auch der Turm, dessen quadratischer Unterbau noch aus gotischer Zeit stammt. Er trägt neben einer historischen, vier, 1948 in Erding gegossene Czudnochowsky Glocken und ragt mit seiner stattlichen Zwiebelhaube 65 Meter hoch in den Allgäuer Himmel.