Teil 1: Der Westen

Die Reise beginnt in Gibraltar, wo nicht nur die Herkunft der einzigen europäischen Affenart geklärt wird, sondern auch einzigartige Tauchgänge in einer "Zwischenwelt" stattfinden. Denn Mittelmeer und Atlantik mischen sich auf 400 Kilometern und bilden die Alboran-See ein "Meer im Meer" – das artenreichste Unter-Wasser-Ökosystem im Mittelmeer. Doch auch hier kämpfen fast 20 Wal- und Delfinarten ums Überleben. Verschmutzung, Schiffsverkehr und Lärm nehmen ständig zu. Nachdem das Team eine spektakuläre Delfinjagd filmen konnte, geht die Reise weiter nach Frankreich zu den Flamingos und den weißen Pferden der Camargue. In Italien trifft das Team auf die großen Räuber unter und über Wasser: Den Wolf, der sich wieder neuen Lebensraum erobert, und den über fünf Meter langen Sechskiemenhai, der fast unbemerkt ausgerottet wird.

Teil 2: Der Osten

Der zweite Teil beginnt in der Ionischen See, zwischen Italien und Griechenland. Hier hofft das Team auf Pottwale zu treffen. Doch weil nur 400 Tiere im Mittelmeer überlebt haben, gestaltet sich die Suche schwierig. Denn niemand weiß, wann und wohin die bis zu 18 Meter langen Giganten wandern. Leichter ist es noch mit der unechten Karettschildkröte. Es gelingt dem Expeditionsteam, Weibchen bei der Eiablage zu beobachten. Doch muss das Team auch mit ansehen, wie der Massentourismus deren Lebensraum immer weiter zerstört. Die Brutzeit der Schildkröten und die Hauptsaison des Tourismus fallen fatalerweise genau zusammen.
In Ägypten und Israel werden die Filmemacher Zeugen von brutalem Singvögelmord, erleben aber auch wie 100.000 von Zugvögeln sich an Rastplätzen versammeln. Weiter nördlich, in der Nähe der Inselgruppe der Sporaden, gelingen den Tauchern und Kameraleuten Aufnahmen vom seltensten Säugetier des Mittelmeeres, der Mönchsrobbe. Es gibt also noch Hoffnung für das "Mare Nostrum", für "unser Meer". Eine Allianz aus vielen engagierten Naturschützern ist unermüdlich aktiv und versucht zu retten, was noch zu retten ist.