Bereits 1899 zog das Stadtmuseum in die Hauptburg von Burghausen ein. In den folgenden Jahrzehnten wurden die Ausstellungen ständig erweitert. Hauptthemen waren dabei Malerei und Plastik aus der Region, Volkskunst und Handwerk, Stadtgeschichte, Archäologie, Militaria sowie eine Vogel- und Schmetterlingssammlung.

2012 fand dann der bayerische Teil der Bayerisch-Oberösterreichischem Landesausstellung in den Räumen des Stadmuseums statt. Als sie beendet war, begann die Arbeit an einem neuen Konzept für das Stadtmuseum, die Dauerausstellung des Museums wurde für die Neugestaltung geschlossen.

Jetzt ist der erste Abschnitt des Museumsausbaus vollendet, 1,25 Millionen Euro hat die Stadt Burghausen dafür in die Hand genommen. Fertiggestellt sind das Erdgeschoss zum Thema Leben auf der mittelalterlichen Burg und das zweite Obergeschoss zur Stadtgeschichte vom Mittelalter bis zur Gegenwart.

Großer Wert wird in der neuen Ausstellung auf (Nach)-Erlebbarkeit und wirksame Inszenierung gelegt. An "Riechstationen" kann man nachvollziehen, wie das Mittelalter gerochen hat. Die Besucher können die damalige Mode anprobieren oder per 3D-Simulation ein Turnier bestreiten. Beim "Knochen kegeln" erfährt der Besucher, wie sich die Menschen des Mittelalters die Zeit vertrieben.

Auch die Stadtgeschichte wird lebendig dargeboten: Man kann in die Frühgeschichte eintauchen, das Schwert des letzten Burghauser Scharfrichters bewundern, den Salzhandel erforschen, mit Paul Klee oder Ludwig Thoma einen Kaffee trinken, den Kopf über die Verirrungen der Nazi-Ära schütteln und den Erinnerungen eins US-Soldaten lauschen, der 1945 in Burghausen einrückte.