Im zweiten Bauabschnitt wird das bestehende Gebäude saniert und um zwei Geschosse aufgestockt. Außerdem wird die OP-Station sowie das dazugehörige Technikgeschoss erweitert. Auch die Energiezentrale wird vergrößert. Sie erhält eine neue Strom- und Notstromversorgung. Von den geprüften Gesamtkosten mit rund 32,9 Millionen Euro wurden von der Regierung von Unterfranken förderfähige Kosten in Höhe von 24,07 Millionen Euro festgesetzt. Die Förderung erfolgt aus Mitteln der Bayerischen Krankenhausfinanzierung.
Seit März 2015 wird die Klinik Kitzinger Land generalsaniert. Das Krankenhaus in Kitzingen wird voraussichtlich bis 2026 im laufenden Betrieb für 90 Millionen Euro erneuert und erweitert.