Gegen die Truppen des Schwäbischen Bundes und der Fürsten operieren die Bauernhaufen 1525 einzeln und werden von den kampferprobten Söldnerverbänden mit ihrer überlegenen, gepanzerten Kavallerie nacheinander besiegt. In blutigen Schlachten verlieren tausende Aufständische ihr Leben.

Die letzten Hauptkämpfe des Bauernkriegs finden Anfang Juni 1525 bei Würzburg statt, als die fränkischen Bauern, die zeitweise mit 18.000 Mann die Stadt belagern, vernichtend geschlagen werden. Die Tiroler Bauern leisten noch ein paar Monate Widerstand und laufen, nachdem ihnen Zugeständnisse gemacht werden, 1526 auseinander.

Vielerorts tagen Blutgerichte. Zahlreiche Bauern werden gefoltert, verstümmelt, gehängt oder geköpft. Andere am Aufstand Beteiligte zwingt man zu neuer Huldigung und belegt sie mit Strafgeldern. Wie viele Aufständische im Zeitraum 1524 bis 1526 den Tod finden, ist in der Forschung umstritten. Die Schätzungen reichen von 30.000 bis 130.000.

Bauern verbessern ihre Rechtsstellung

Nach Beendigung der Racheaktionen nehmen mehrere Grundherren wieder Verhandlungen mit den Bauern auf. An einer totalen Entmündigung ihrer Untertanen sind die Machthaber nicht interessiert. Neue Regeln für das Zusammenleben werden festgelegt. Auch die Leibeigenschaft wird schrittweise entschärft, indem beispielsweise eine Art Erbschaftsteuer die verhassten "Todfall"-Vorschriften (Zugriff auf Vieh und Gewand) ersetzt.

Der Historiker Peter Blickle kommt zu dem Schluss, dass die Revolte der Wutbauern nicht vergebens war und - auf lange Sicht - zur Abschaffung der Leibeigenschaft führte. Es zeigt sich, so der Bauernkriegsforscher, dass auch der "gemeine Mann" als Subjekt der Geschichte etwas bewirken kann.

Die Reformation verliert an Zugkraft

Nach dem Ende des Bauernkriegs wenden sich breite Teile der Bevölkerung im Süden und Südwesten des Reiches enttäuscht von der evangelischen Lehre ab und verachten Luther als "Fürstenknecht". Das Ansehen des Reformators ist ramponiert. Die Reformation als Volksbewegung kommt ins Stocken, die Entscheidung über die kirchliche Reform liegt nun bei den Landesherren. In Norddeutschland, das vom Bauernkrieg verschont bleibt, wird die lutherische Predigt weiterhin quer durch alle Bevölkerungsschichten hoch geschätzt.

Die großen Gewinner des Bauernkriegs sind die Landesfürsten, die den Aufstand ohne Hilfe von Kaiser und Reich niedergeschlagen haben. Verwaiste Klöster werden eingezogen, zerstörte Burgen nicht wieder aufgebaut und einstmals freie Städte in den jeweiligen Machtbereich eingegliedert.